Medewerkers, leerlingen en ouders kunnen bij Meerscholen meepraten en meebeslissen over belangrijke ontwikkelingen en gevraagd en ongevraagd het management adviseren. Dat gebeurt in de medezeggenschapsraad. Al onze scholen hebben een eigen medezeggenschapsraad (MR). Daarnaast is er een gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (GMR) voor Meerscholen als geheel. Het werk van de GMR is heel divers: van het adviseren over de meerjarenbegroting of de benoeming van het college van bestuur tot het instemmen met het klachtenreglement, verandering van onderwijskundige doelstellingen of het examenregeling. 
Alle medewerkers, leerlingen en ouders van leerlingen kunnen zich voor de medezeggenschapsraad verkiesbaar stellen en hebben stemrecht. De vestigingen kiezen in een stemming wie er vanuit hun MR wordt afgevaardigd naar de GMR.