Meerscholen wordt bestuurd door Inge Sterenborg-van der Schaaf, voorzitter van het college van bestuur en Geert Popma, lid van het college van bestuur.

Het college van bestuur oefent het bevoegd gezag uit over de scholengemeenschap. Het college van bestuur is eindverantwoordelijk voor het geheel van de onderwijsinstelling en is werkgever van alle medewerkers. Samen met de schooldirecteuren vormt het college van bestuur het management. Het college van bestuur is tevens de formele gesprekspartner van de gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (GMR) en legt verantwoording af aan de raad van toezicht.